Outre le sens original que le terme "syndrome" a dans le domaine de la médecine, il est aussi souvent utilisé pour désigner des phénomènes qui caractérisent une certaine situation. Par exemple, l'expression «syndrome de Stockholm» a été inventée pour désigner une réaction psychologique dans laquelle la victime d'un enlèvement contre son gré développe une relation complice et un lien affectif fort avec son ravisseur. C'est en ce sens que l'on utilise l'expression « Syndrome de Nicodème » pour expliquer la tendance psychologique à assumer, inconsciemment et sans esprit critique, les valeurs culturelles en général et les valeurs religieuses en particulier du milieu dans lequel on vit et on est éduqué.
L'Evangile, (Jean, 3:1-12), raconte la rencontre avec Jésus d'un Pharisien pieux qui avait du mal à surmonter les schémas mentaux de l'environnement culturel et religieux dans lequel il avait été formé. Ce n'était sûrement pas le seul cas de ce type que Jésus a rencontré en diffusant son message, et l'évangéliste a voulu y résumer et symboliser tous les cas similaires. La conclusion à laquelle Jésus était parvenu, avant le "cas Nicodème", est qu'il était nécessaire d'être "né de nouveau", c'est-à-dire que pour assumer le message libérateur que Jésus a apporté, il était nécessaire de surmonter les schémas mentaux qui sont les résultat du processus formatif.
Considérons, par exemple, la manière naturelle dont nous apprenons la langue maternelle, la langue parlée dans l'environnement dans lequel nous avons été élevés, et la difficulté d'apprendre une deuxième langue. Eh bien, la même chose se produit avec tout le reste de l'héritage culturel de l'environnement social dans lequel nous sommes formés : valeurs ou principes, système économique, modes de vie, règles de conduite, critères moraux, coutumes sociales, croyances religieuses et les pratiques...
Le cas du Nicodème de l'Evangile était celui du type moyen des Juifs de l'époque. Il avait été éduqué dans un environnement social, politique et religieux basé sur la loi de Moïse. Jésus a assumé ce cadre religieux mais a voulu l'affranchir de la casuistique talmudiste, ce qu'il appelait « le levain des pharisiens et des sadducéens ». Une de ses paroles qui exprime l'esprit de l'enseignement qu'il voulait transmettre était que "le sabbat a été fait pour l'homme et non l'homme pour le samedi". En réalité, c'est un message révolutionnaire ; elle bouleverse tout le système social organisé. Il en vient à dire que la religion, les lois, l'autorité politique... n'ont de sens que si elles servent le bien des gens.
Selon la manière dont la société est organisée, et pas seulement celle du temps de Jésus, tout cet héritage culturel (valeurs, critères moraux, système religieux, etc.) est organisé en fonction des intérêts des pouvoirs dominants de la société, c'est-à-dire des personnes sont éduqués, dès leur plus jeune âge, pour qu'ils assument ce cadre culturel et le considèrent comme la chose la plus naturelle du monde. Si le système est menacé par des idées révolutionnaires qui cherchent à changer le monde par le bas, les puissances dominantes recourent au personnel domestiqué au profit de leurs intérêts. La foule qui criait à Pilate la libération de Barabbas et la condamnation de Jésus de Nazareth était composée, en grande partie, par le malheureux nicodemes sincèrement convaincus que contre le Sanhédrin et le sacerdoce du Temple de Jérusalem, ne pouvait avoir raison simple laïc comme ce Jésus qui venait d'un village insignifiant comme Nazareth, d'où l'on disait alors que rien de bon ne pouvait en sortir, voir Jean, 1:45-50.
La religion, qui répond en principe à un besoin humain de se rapporter au transcendant, à ce que nous appelons Dieu, est utilisée par tous les dominateurs de tous les temps pour mentaliser, au profit de leurs propres intérêts, les assujettis et les expropriés. Il en va de même pour les systèmes politiques qui, en principe, ont la fonction nécessaire et digne d'organiser la coexistence des groupes humains. Ainsi, tout système de domination s'efforce de contrôler à la fois les dirigeants politiques et les clergés religieux. Ceux qui s'offrent pour servir de laquais aux détenteurs du pouvoir économique, véritables propriétaires de la société, sont des dirigeants politiques et religieux indignes.
Ces dirigeants politiques et religieux, ce que Jésus a appelé « les royaumes de ce monde », sont tombés dans la tentation de puissance et de domination de Satan que Jésus a rejetée. Jésus nous exhorte à "naître de nouveau", à nous libérer du levain des "docteurs" qui travaillent pour le système de domination, l'appareil idéologique du système qui nous mentalise à l'accepter tel qu'il est . Le syndrome de Nicodème, la tendance à ne pas remettre en question ce qui a été imprégné dans nos esprits, nous rend incapables d'entreprendre la tâche que Jésus assigne à ses disciples, la construction du Royaume de Dieu et de sa justice.
Cela s'est produit depuis l'époque de Jésus jusqu'à maintenant. Il est supposé que les personnes qui se sont senties interpellées par l'appel de Jésus et qui ont assumé la mission de le suivre et de l'imiter seraient consacrées à son projet libérateur, la construction de ce Royaume différent de ceux de ce monde. Il faut donc se demander ce qui a résulté, après deux millénaires, de cette vocation transformatrice. L'histoire de ces 20 siècles nous montre que les églises chrétiennes abandonnaient le programme libérateur du Messie Jésus pour tomber progressivement dans une religiosité centrée sur le culte, la prière...
De la communauté chrétienne primitive de Jérusalem, le livre des Actes des Apôtres nous dit que : … tous ceux qui ont cru se sont réunis et ont toutes choses en commun. Ils vendirent leurs biens et leurs biens, et les distribuèrent à chacun, à chacun selon ses besoins... …La multitude de ceux qui avaient cru était d'un seul cœur et d'une seule âme. Aucun ne prétendait être à lui ce qu'il possédait, mais tout lui était commun. Avec une grande puissance, les apôtres ont témoigné de la résurrection du Seigneur Jésus, et une grâce abondante reposait sur eux tous. Il n'y avait donc pas d'indigents parmi eux, car tous ceux qui possédaient des terres ou des maisons les vendaient, apportaient le prix de ce qui avait été vendu et le mettaient aux pieds des apôtres. Et il était distribué à chacun selon ses besoins.